新设公司在筹备期间经常遇到以下问题:新设子公司营业执照尚未下来。在此期间，企业发生的一些费用，如工程支付、开业费用支付、租金费用等，如何在支付后索要发票时选择发票？一般有以下解决方案。

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方案一：总公司作为预付款支付，同时暂停收票，待相关证件办理后再索要专票。

关键因素：涉及发行专用票据，一方面需要与相应收款人沟通协调是否需要变更合同或三方补充协议，或合同中标明三方关系和主体变更的相关条款；另一方面需要沟通相应资金是否需要退款，然后由分公司支付。

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方案二:总公司签订合同支付相关款项，收取总公司仰头发票。处理总公司仰头发票有两种方式:

第一种：收取相应的专用票据作为总公司的费用，同时总公司后期向分公司出具相应项目或统一项目的专用票据。

关键因素:总公司可以通过管理服务费的方式向分公司发放费用；但如果出具相应项目的发票，总公司必须具备相关营业执照的专业资质，并满足租赁服务、工程资质等相关业务范围。

第二：收取相应的普通票，虽然为总公司发票抬头，但相关费用仍在所得税前列支。

关键因素：这种方法最简单，但地方税务机关规格不完全一致，需要咨询主管税务机关所在地区的规格，不能作为企业进项扣除。如果分公司是一般纳税人，增加增值税负担。

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参考政策条款：国家税务总局北京市税务局2019年11月11日发布的《企业所得税实务经营政策指引》配件《企业所得税实务经营政策指引（第一期）》明确回答了此类问题。考虑到新企业在筹备期间未办理工商登记和税务登记，筹备费用由投资者或筹备组预付，税前扣除凭证为投资者或筹备组，符合经营常规。因此，在确认筹备费用真实且与筹划中的新企业有关的情况下，投资者或筹备组的扣除凭证可以从新企业中扣除。